2005 DC

Los Decepticons parten para Cybertron, permitiendo un corto tiempo de paz en la Tierra. Los Autobots construyen la ciudad Autobox, planeando usarla como base y como un gigante guerrero Transformer, Metroplex. Spike tienen un hijo llamado Daniel, y entonces van con un equipo de Autobots a usar las lunas de Cybertron como una piedra de pasantes para atacar a los Decepticons.
Desafortunadamente, Megatron conoce de este plan Autobot y secuestra una nave Autobot yendo a la Tierra. Varios Autobots mueren en el secuestro. Segundos antes de la nave aterrizar, Hot Rod y Daniel descubren los Decepticons y abren fuego contra ellos, permitiendo a los Autobots transformar la ciudad Autobot en modo de defensa. Pero atacados por sorpresa muchos Autobots son asesinados. Un mensaje es enviado a Optimus en Cybertron, pero hasta a velocidad superluminosa una nave estelar toma 12+ horas para llegar a la Tierra.
Prime llega con refuerzos, y lucha con Megatron. Los Decepticons se retiran, tomando sus muertos y heridos con ellos. Prime es dañado al tratar de repararlo, y muere, pasando la Matriz a Ultra Magnus. La Matriz no lo acepta, Megatron y otros Decepticons averiados son colocados a la deriva en el espacio inter-estelar, donde ellos son encontrados por Unicrom. Unicrom los reforma con sus propios agentes, y les da una nave estelar para asesinar el que tenga la Matriz. Megatron, ahora Galvatron, asesina a Starscream para recuperar el liderazgo de los Decepticons, entonces atacan a los Autobots en la tierra.
Unicrom llega a una órbita alrededor de Cybertron, comiendo una de las lunas. Spike y Bumblebee son presumidos muertos.
Galvatron conoce que Unicrom controla todo de sus creaciones por medio de una unión sub-espacial a un trabajoso circuito.
Los Autobots huyen en dos naves. Durante la batalla que sigue, una nave con los Dinobots, Kup, y Hot Rod se estrella en un planeta, mientras la otra nave se autodestruye a fin de que Galvatron crea que Springer, Arcee, Ultra Magnus, y Daniel están muertos con la Matriz. En realidad el puente de la nave espacial se estrello en un planeta Junk.
Hot Rod se despierta para encontrarse a si mismo sobre una parodia de planeta donde las formas de vida biológicas son imitadas en forma robótica. Rescata a Kup, solamente para ser capturados por Sharkicons. Los dos son colocados en una cárcel donde el conoce a Krannix, el ultimo sobreviviente de el ultimo planeta de Unicrom. Entonces Krannix es sentenciado a muerte. Los gobernadores del mundo son cyborgs de cinco caras, quienes deliberan sentenciado a muerte a los Autobots también. Kup y Hot Rod son rescatados por los Dinobots, quienes encontraron un aliado llamado Wheelie. Los Autobots roban una nave alíen para buscar a los otros.
En el planeta Junk, Daniel y los otros son emboscados por Decepticons y Transformers aliens igual. Ultra Magnus es destrozado y la Matriz tomada. Hot Rod y los otros llegan al planeta Junk, conocen los Autobots Junkion. Los Autobots y Junkions iguales ahora reactivan a Ultra Magnus y guían a Cybertron para parar a Unicrom.
En la órbita de Cybertron, Galvatron trata de lanzar fuera el yugo de Unicron. En respuesta, Unicron se transforma de planeta a modo de batalla, y ataca Cybertron. Shockwave ensambla a los Decepticons en Cybertron para atacar a Unicron. Muchos Decepticons mueren. Hot Rod y los Junkions llegan, y Hot Rod pilotea una nave dañada contra la unidad principal de Unicrom, cegando un ojo pero causando pequeños daños por todas partes. La nave de los Junkions continúa con rumbo a Unicrom. Dentro de Unicrom, los Autobots son separados, con Springer, Kup, Ultra Magnus, y Daniel liberando a Spike y Bumblebee mientras Hot Rod encuentra y pelea con Galvatron por la Matriz del Liderazgo.
Galvatron esta enloquecido por sus viejos recuerdos ser Megatron, independiente del control de Unicrom, y Unicrom usa el dolor para estimular a Galvatron a actuar.
Grimlock descubre que su estrategia de "Fuerza bruta" puede necesitar reevaluarse.
Hot Rod controla y consigue la Matriz de Galvatron, y la Matriz lo acepta a el causando una transferencia de Energía a materia, cambiado a Hot Rod en Rodimus Prime. Rodimus lanza a Galvatron fuera de Unicron, entonces abre la cápsula de cristal de la Matriz. La Energía de la Matriz divide una y otra vez, dañando a Unicron donde quiera que lo toca. Rodimus recolecta la Energía y entonces guía a los otros Autobots fuera de la cabeza de Unicrom. Dentro de Unicron, el daño causado por la Energía de la Matriz comienza a sobrecargarlo. Unicron explota desde su interior, dejando solamente su cabeza intacta.
Con los Decepticons huyendo de Cybertron, el planeta esta ahora en control de los Autobots de nuevo.

Una cripta para los Decepticons y un mausoleo volador para los Autobots son hechos. Cyclonus y Scourge encuentran a Galvatron y los Decepticons surgiendo de nuevo. Los aliens de cinco caras, ahora descubiertos son los descendientes (y un poco originales) de los Quintinsons, comienzan a estudiar el redescubrimiento de los Transformers y de sus aliados orgánicos, los humanos. Los Quints tratan todo desde viajes del tiempo para lavar el cerebro para recuperar su planeta fabricado, Cybertron.
Todos las otras Autobots femeninas aparte de Arcee son presumidas muertas.
Los Autobots y Decepticons viajan a través de la galaxia, usando puentes transdimensionales aliens, su plasma de transmisión estelar, y otras tecnologías.
Los Decepticons crean Tripicon, haciendo un rival para el Autobot Metroplex.
Los Quintisons construyen sus propios Transformers, llamándolos Horrocons, a fin de luchar contra los Transformers Cybertronianos. Ellos destruyen su propio hogar adoptivo, el planeta Quintessa, en un intento de asesinar a Rodimus Prime. Los Quints tratan de activar un dispositivo de seguridad dentro de cada y todos los robots hecho por los Quintisons, pero son detenidos por el humano Spike.
Rodimus comienza a experimentar con la Matriz, tratando de descubrir su uso.
Un ganster en la Tierra convence a Snake, un terrorista retirado, para usar tecnología synthoid para transferir los Autobots a cuerpos humanos, los cuales son mas fáciles para asesinar. Su conspiración para usar los cuerpos de los Autobots es frustrada por los mismos synthoids. Snake escapa.
Grimlock sufre un incremento mental, el cual usa para crear los Technobots. Grimlock entonces regresa a la normalidad.
Los Autobots liberan un sistema estelar de un "Cerrojo de cuadrante" Quintison que guarda la entrada al sistema en un cavidad especial de espacio- tiempo. La razón detrás del confinamiento era guardar una raza de personas telepaticas que progresaban para salir al espacio.
Los Quintison usan una "ventana del tiempo" para tomar a Alpha Trion de el pasado y así que la Primera Guerra Cybertroniana nunca suceda, y ellos retornar al poder. Los Autobots intervienen, y el plan falla.
Un planeta Autobot en una cavidad del espacio-tiempo es descubierta por Cyclonus. El planeta esta lleno de Autobots no Transformadores que trataron de escapar de las guerras. Cuando Galvatron llega, ellos vuelan el planeta para prevenir que el lo use.
El fantasma de Starscream, liberado inadvertidamente de sus restos por Octane, posesiona uno de los Sweeps, y trata de conseguir su cuerpo de regreso y también destruir a Galvatron. Starscream también ayuda a la cabeza de Unicrom para usar a Cybertron como un nuevo cuerpo, pero lo traiciona en el ultimo momento. La ultima noticia que Starscream tuvo de el en un nuevo cuerpo pero lanzado fuera del control de Cybertron.
Primacrom trata de capturar a Cybertron de nuevo, esta vez usando un ser de Energía que el creo. El ser de Energía absorbe la Energía de casi todos los Transformers, efectivamente asesinándolo. El antiguo asistente de Primacrom se propone a encontrar los "primitivos' Transformers y guiarlos para destruir la criatura de Energía. Grimlock, el ultimo Transformer, se propone a estallar dentro del laboratorio de Omicron justo cuando la criatura de Energía se rebela y tratar de comer a Primacron. Grimlock hace que Primacron invierta la razón de existencia de la criatura de Energía (en cambio de absorber Energía la dé de regreso) y reanimando los otros Transformers. Primacron fervientemente conviene en para de hacer agentes. Grimlock deja sin valor el laboratorio de Primacron en algún lugar, justo para hacer diversión.

Los Quintisons reaniman a Optimus Prime en una clase de estado Zombie, en otra conspiración para tomar Cybertron de regreso. Rodimus descubre a Optimus a bordo de la cripta y es engañado para renunciar a la Matriz. La verdadera personalidad de Optimus surge en el ultimo minuto, y Optimus le regresa a Hot Rod la Matriz. La nave espacial de Optimus es supuestamente destruida por una trampa para los otros Autobots.
En realidad, el cuerpo de Optimus es recuperado por un equipo de científicos humanos en busca de una nueva clase de metal resistente al calor. La estrella donde la trampa para los Autobots fue colocada alcanza una supernova, resultando la resistencia al calor del metal de la nave pero el revestimiento de la nave son extrañas esporas. De regreso en la Tierra, las esporas son descubiertas como causa de una infección enloquecedora en todo sentido de vida. Uno de los científicos humanos es lesionado por los Decepticons cuando ellos roban el metal, causando que su padre odie a todos los Transformers. El guía a los Autobots a su laboratorio y los infecta con la enfermedad enloquecedora, la cual se expande a los transportes estelares y entonces a la Galaxia. Rodimus y Skylynx toman el cuerpo de Optimus y secuestran un Quintison para revivir a Optimus Prime. Rodimus es infectado, y Optimus, revestido en el metal resistente al calor, lucha con él por la Matriz (Rodimus infectado por el virus, enloquece).
Buscando a través de los espíritus de la Matriz, Optimus descubre una vieja leyenda del programa del Autobot original sobre las esporas enloquecedoras. "Semejante locura es librada con sabiduría." el AI dice Optimus. Optimus abre la Matriz y libera la Energía de la Matriz, la cual acelera a velocidad mas rapida que la luz cruzando toda la Galaxia, curando la locura con un bit de sabiduría Matriz para cada persona infectada. Con la Matriz vacía pero aun utilizable, Optimus guía a los Autobots de regreso a Cybertron.
Bumblebee es reformado en Gold Bug.
Mas Autobots y Decepticons regresan a sus lideres cruzando la Galaxia.
Vector Sigma permite que Galvatron conozca de la Llave del Cambiador de Plasma a Energía. Galvatron, pensando en una nueva fuente de Energía, ataca la ciudad Autobot en la Tierra para conseguir la Llave. El entonces viaja a Cybertron, e inserta la llave. Los Autobots lo siguen a Cybertron y están presentes cuando la Llave activa el Cambiador. La extraña Energía cortocircuita varios Transformers y una nave espacial, enviando tripulación en un vuelo fuera de control. Solamente Spike y Daniel, criaturas orgánicas, no son afectadas por la Energía.
Optimus Prime usa la Matriz del Liderazgo para comunicarse con Vector Sigma, y descubrir que Alpha Trion es ahora parte de Vector Sigma. Sigma ha permitido a Galvatron descubrir la Llave del Cambiador de Plasma a Energía por una razón. Sigma aparentemente tiene poderes clarividentes, como conoce los Humanos podrían ser un instrumento para re-iniciar en Cybertron una nueva Edad Dorada. El Cambiador de Plasma a Energía afecta todos los seres que usan Energía.
La nave aterriza en un planeta llamado Nebulon. Sus habitantes son humanoides divididos en dos castas. Algunos son personas que conocen la Tecnokinesis, controlando maquinaria con solo la mente. Unos pocos de ellos son Cyborgs, sus cerebros alojados en apenas adecuados cuerpos de robot. Cada uno de ellos en Nebulon esta sujeto a los "Hive", como los tecnokineticos se llaman a si mismos. La llegada de los Autobots y Decepticons cambia el balance del poder de los Nebulons. Daniel es atacado y en una condición critica, forzando a Spike a usar los Autobots para crear los Headmasters, Transformers con operadores humanoides secundarios. Varios Nebulons se convierten en Headmasters, y entonces a los Targetmaster, socios binarios. Los Decepticons, con la ayuda de los Hivemasters, copiando los esfuerzos de Spike. La batalla por la Llave continua. Optimus llega, pero es indeciso acerca de las nuevas uniones.
Los Hivemasters transforman su ciudad en una fortaleza capaz de vuelo superluminoso, y toman a Daniel, Arcee, y otros Autobots como rehenes. Ellos entonces parte para Cybertron para dar a Galvatron la llave. Spike descubre una vieja ciudad de los Hivemaster, la única en que ellos vivieron antes de ellos desarrollar los poderes Telekineticos, y reforman la ciudad en una fortaleza Headmaster. El entonces sale para Cybertron.
En el planeta de los Transformers, Galvatron esta encolerarizado ya que sus guerreros han aceptado ellos mismos los operadores orgánicos, pero debe aceptarlos y su poder de fuego. El ordena a los Decepticons construir motores masivos superluminosos para poner a Cybertron a orbitar la Tierra, donde el puede examinar de nuevo el Cambiador de Plasma a Energía. Los Hivemaster luchan restando los Autobots hasta Spike y Fortress Maximus llega. Galvatron trata de conseguir que Sponok deje Cybertron; el ha colocado la Llave en el Cambiador con un reloj de cuenta regresiva. Spike, en total control de Fortress Maximus, toma la materia en sus propias manos y rescata a su hijo y los Autobots del interior de Scoponok. El Cambiador se activa, enviando plasma energético a través del Sistema y haciendo de la estrella Sol una supernova. Spike tiene los Nebulons en los muelles sus Headmaster acomodados y cambiando los manejadores superluminosos a hundidores de Energía, con un conducto a Vector Sigma. Vector Sigma drena la Energía extra del Sol cuando Spike apaga el Cambiador. Sigma usa la Energía para reactivar Cybertron en una nueva Edad Dorada. Galvatron y los Hivemasters son expulsados de Cybertron colocados en el espacio interestelar.
Fin de la Cuarta Guerra Cybertroniana.